Обновить MySQL 5.1 до 5.5 в CentOS 6 не трогая PHP из REMI

Используйте пакет compat-mysql51 https://blog.remirepo.net/pages/English-FAQ#mysql


rpm -e --nodeps mysql-libs

yum install http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-6.rpm

yum --enablerepo=remi install compat-mysql51 mysql mysql-server

service mysqld restart
mysql_upgrade