Бэкапы баз данных в ISPmanager в дампе одни ???? вместо русских букв

Панель при дампе базы данных смотрит кодировку в какой была база создана и если вы видите что-нибудь похожее на latin1

mysql> show create database blog;
+----------+-----------------------------------------------------------------+
| Database | Create Database                                                 |
+----------+-----------------------------------------------------------------+
| blog     | CREATE DATABASE `blog` /*!40100 DEFAULT CHARACTER SET latin1 */ |
+----------+-----------------------------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)

То дамп будет делаться некорректно

Правка

mysql> alter database blog character set utf8;

Но, скорее всего, скоро это поведение будет изменено