yum удалить пакет только из базы не трогая файлы ключ --justdb

rpm -e --justdb --nodeps packagename

2 раза на неделе требовалось, сначала недобновленная CentOS 7 где задвоились пакеты, потом апгрейд очень старой версии гермошлема где pkg-httpd переименовывался и конфликтовал

P.S.
в dpkg правками /var/lib/dpkg/status