Принудитетельно пересчитать размер баз данных в ISPmanager

update db_cache set next_check = datetime('now', '+1 minutes')

Перекешировать размер БД в ISPmanager, делается в базе ispmgr.db

Автоматически размер в Базы данных обновляется по формуле https://doc.ispsystem.ru/index.php/Размеры_баз_данных

update:
в новых версиях ISPmanager данные хранятся в отдельной базе данных 

# sqlite3 /usr/local/mgr5/etc/ispmgr_dbsize.db

В ISPmanager Business файл называется
# sqlite3 /usr/local/mgr5/etc/ispmgrnode_dbsize.db